কওমী মাদরাসাগুলোকে সরকারের নিবন্ধনের আওতায় আনা এবং এসব প্রতিষ্ঠানে শিক্ষা কার্যক্রমের ব্যাপারে শিক্ষা মন্ত্রণালয় একটি সমন্বিত নীতিমালা তৈরির উদ্যোগ নিয়েছে। তবে কওমী মাদরাসা প্রতিষ্ঠার ক্ষেত্রে সরকারের কাছে নিবন্ধনের প্রস্তাবে রাজি নয় বেসরকারি মাদরাসা শিক্ষা বোর্ডের নেতৃত্ব।